淮安市婦幼保健院新生兒科成立于1984年，是江蘇省市級婦幼保健院中成立最早、規模最大、設備條件最好的新生兒專科之一，現為江蘇省省級臨床重點專科。1999年成為“淮安市新生兒重癥監護中心”、淮安市首批臨床重點專科，2012年成為江蘇省婦幼健康重點學科，2016年成為第一批江蘇省省級新生兒危急重癥救治中心。
通過與多學科合作，近年來開展了從高危新生兒的產前診斷、產前干預、產時監護到產后救治、先天畸形的早期手術、常見遺傳代謝病篩查及新生兒聽力、早產兒視網膜病篩查等系統、全方位的新生兒救治體系，建立了專科實驗室和成熟的院外轉運系統。專科水平達到省內先進水平，建立新生兒安全產房、極/超低出生體重兒的綜合管理及高危新生兒出院后隨訪體系。依托婦幼保健平臺，實施從產前干預-轉運-治療-隨訪序列化運作模式。科室醫療用房約2700平方米，床位120張，配有國內一流專科治療、轉運設備。近三年來，年均轉運危重新生兒350例，專科平均每年收治新生兒3000余人次，新生兒外科手術100余臺次。
專科特色包括：超早產兒、極低及超低出生體重兒救治與管理；各種模式的呼吸支持；多項生理功能的無創和有創監測；外周動靜脈同步換血術；全胃腸外靜脈營養；早產兒視網膜病變篩查與治療；床旁超聲技術應用；遺傳代謝病篩查；新生兒聽力篩查；亞低溫治療；一氧化氮治療；圍手術期監護；神經監護單元；腹膜透析；PDA內外科治療；高危新生兒出院后隨訪；母乳庫；早產兒發展性照顧。